WebDrive でファイルを編集中にサーバーがダウンし、ファイルサイズを見ると 0 バイトになっています。ファイルは失われたのでしょうか。

いいえ、失われていません。

サーバーがダウンして、ダウンロードに失敗するとローカルにはデータが無くなり 0 バイトとなります。この場合はアプリケーションを「保存せずに終了」してください。

編集したファイルを失いたくない場合は、デスクトップやマイドキュメントに一時的に保存してください。

アプリケーション終了後、一旦キャッシュをクリアするか、切断した後ファイルを開いてください。