WebDrive + ProFTPD の組合せで利用しているのですが、アップロードしたファイルの日付が正しくありません。

「MDTM を利用して修正時間を設定する」にチェックが入っていませんか。

ProFTPD は、デフォルトで MDTM はサポートされていませんので、このチェックを外すか、mod_site_misc モジュールを含めて ProFTPD を再コンパイルする必要があります。